ניהול רשת זכיינית זו שיטת ניהול שונה מניהול סניפים בבעלות.  ישנה חשיבות להבין את המערכת היחסים הסבוכה שיש בין הרשת לזכיין ולנהל את הזכיין ברגישות ובצורה נכונה ומקצועית.  על הרשת לספק לזכיין תמיכה, ליווי,שיווק, פיתוח מוצרים וכמובן בקרה ואכיפה כדי לשמור על אחידות רשתית.