בין זכיין למזכה מתנהלת מערכת יחסים סבוכה ולא הדדית וזה סוד ההצלחה של שיטת הזכיינות, במידה ועושים זאת בצורה נכונה.  לכן יש לפתח מודל זכיינות מסודר.  מודל זה נוגע בפרמטרים רבים כגון מודל עסקי לרשת ולזכיין, תנאים מסחריים, הסכמים מול ספקים , חוזה זיכיון מסודר, ספרי נהלים המאגדים את כל התורה של הרשת וצורת הכשרה וקבלת זכיין חדש. כל זאת כדי להסדיר את מערכת היחסים ולהציב גבולות בין הרשת לבין הזכיין.